Если втечение 90 дней выезжать из Аргентины, учитываются ли дни выезда при подсчёте общего числа дней пребывания в Аргентине? Т. е.

У вас должно быть 90 дней с первого въезда в Аргентину в течении полгода. Хоть 10 раз выезжайте.

Да. Я выезжала в Чили на 10 дней, мне срок визы пересчитали и сдвинули на 10 дней.

Когда обратно въезжать будете, пересчитают и возле штампа о въезде ручкой напишут сколько дней осталось. Могут вообще штамп не поставить - электронный документооборот.