Как лучше расплачиваться в Японии, может есть туристическая карта, которой можно платить в магазинах?

Заводите юнионпэй и снимаете деньги в банкоматах в сети "7eleven" (они повсюду).

Транспортной можно платить, suica, pasmo, icoca и пр.

Ничего лучше налички в йенах нет. Карточки, которые вы имеете в виду лишь упрощают ваше передвижение в транспорте, ну и в мелких комбиниках платить ими можно..