Подскажите по Португалии: как быть если тут живешь больше полугода? становишься налоговым резидентом, но с представителем?

Не может быть такое никак. Автоматически налоговое резидентство не появится у вас по истечении полугода, вы обязаны после этого срока пребывания прийти в налоговую и сменить адрес на местный, вместе с этим представительство отменяется. Если этого не сделаете то будет штраф потом.