Если больше 100 К йен (или в долларовом эквиваленте) на руках, то в аэропорту Токио их изымают?

Ограничение только на Йены, про доллары не знаю.

Около 1000 долларов.

@Яна: Там не сказано про валюту, только про купюры

@Яна: Не более 100000 йен. Неважно в какой валюте. Если в кошельке будут рубли, то они унесут их и пойдут узнавать курс и тоже прибавят к сумме. Пока в моей практике ни у кого не лазали по карманам. Показываешь кошелек - они проверяют. Считают. И отпускают.