Когда погранцы рф проверяют в аэропорту, они пробивают по базам кто выездной, а кто нет?

Тут всё случайно. Надо пробовать. Могут дёрнуть его, могут пропустить.

Конечно, проверяют. Иначе смысл кого-то делать невыездным?

Смотря какой срок. Муж у меня выезжал 28 сентября прошлого года имея только паспорт РФ. Но доступ к гостайне у него уже был 5 лет на тот момент - никаких вопросов, пропустили спокойно. Про гостайну погранцы вряд ли знают, об этом - знает только часть, где служил. При выдаче Загранпаспорта делается запрос в часть и если есть запрет по гостайне, то часть отказывает просто, а не сразу как подаете документы на загран. Проходили этот момент.

И Вы говорите, что срок ознакомления вышел, но он невыездной - тут либо не вышел и он невыездной, либо вышел и выездной.