Если уже нахожусь в Португалии, то только по 89 статье можно подаваться, если есть основания? А на рабочую визу можно подать, находясь в стране?

Только 89 =( Рабочая это D2, без вариантов.

Можно податься по 90.2 (специальный порядок для Tech Visa)

Manifestação de interesse, 89 или если найдёте работу с контрактом как высококвалифицированный специалист.