Работаю как самозанятый в РФ на российского ИП, разработка ПО доход около 2000 $ в месяц, думаю завести трактор в Черногорию и открыть там ИП/юрлицо и работать через него с целью получения ВНЖ.

Про ип не подскажу. по доо нужно платить себе зп + налог на зп+ бухгалтер. выводить деньги можно как диведенды. 9% сначала на прибыль налог и 15% на вывод дивидендов. при правильном подходе на фирму можно повесить все расходы - бенз, аренда, комуналка, покупки техники например, мебели и тд в доо вы становитесь директором и получаете внж на этом основании.