Подскажите пожалуйста При подаче по 89.2, я смогу выставлять счета русским клиентам, чтоб они оплачивали на мой португальский счет?

Для подачи по 89.2 вам не нужно фиксировать получение оплаты. Достаточно выставлять recibo verde и платить налоги с выставленных сумм. В Португалии нет отдельного лицевого счёта для ИП - оплату вы можете принимать любым удобным способом.