В билете на поезд с Новосибирска или Красноярска в Краснодар указано "транзит СНГ". Как понимаю, проходит Казахстан. Как проходит проверка? Что в запрете, кроме обычных вещей?

Вы в Петропавловске скорее всего сделаете остановку, стоять будете минут 40 примерно. Из вагонов не выпускают. Таможенники просто проходят по поезду, могут выборочно попросить документы для проверки. Никто вещи не проверяет что вы везёте. За 8 лет ежегодных поездок лично у меня ни разу документы не спрашивали. Один минус долгая стоянка на жаре, так как пока поезд стоит кондиционер не работает.

Только паспортный контроль. Выходить из вагонов на станции нельзя. Багаж не досматривают.