Подскажите, если паспорт российский, но берешь билет из Японии не в Россию, а допустим в Казахстан, то тоже будут такие ограничения на вывоз валюты?

Тут 50/50. Они могу спросить какой у Вас конечный пункт и если это РФ, то все становится на свои места. На практике, люди говорят, что летевших рейсом в другую страну не трогали. Но тут все зависит он настроения таможенников. .

Разве сейчас есть из Японии рейсы в РФ? А если нет, то правила явно не про рейсы к нам, а про нас как граждан РФ.