Кто-нибудь из подавших на ВНЖ въезжал в Португалию по действующей шенгенской визе после пребывания в Португалии более 90 дней в течение 180дневного периода, который еще не истек на момент въезда в страну?

Да, опыт есть . Но не знаю, как он вам закроет ваш вопрос. Дело в том, что в Португалии действует закон, который действует с момента пандемии и продлен до января 2024 год, о легальном пребывании даже с просроченной визой. Вы можете спокойно найти раб контракт или открыть ИП. Нужно будет доказать легальный въезд, в основном по авио билетам .