Из Токио в Саппоро по JRPass попасть возможно?

Конечно) правда это займёт практически весь день)

Можно но не на шинкансене. Точнее с ним но с пересадкой.

Вполне можно. В своё время я ехал в обратном порядке - из Саппоро в Токио и проезжал по самому глубоководному в мире туннелю. Но на такой маршрут надо выделять по сути целый день, т. к. на дорогу уходит часов 8 (подробнее - в интернете).