Если открыть ИП в Португалии, то с какого момента нужно платить налоги в Португалии, а в России нет.?

Как открываете, так и должны начать выписывать инвойсы и платить по ним налог.

Налоги в ПТ вы платите, когда стали налоговым резидентом. Или когда начали работать внутри Португалии. А в России перестаёте платить, когда из России у вас прекращается доход.