Можно ли возвращаться туристом из Англии в Россию через Эстонию? Не аннулируют ли визу в этом случае?

Если Вы - простой россиянин с двумя визами (британской и шенгенской), не подпадающий под исключения эстонские (например, прямые родичи-граждане Эстонии, проживающие в Эстонии), тогда из-за того что Британия - не член ЕС и не член Шенгена, прилёт в Таллин означает вход в зону Шенгена. По эстонским санкциям это для граждан РФ с простыми визами С, не подпадающим под исключения, невозможно. Вас просто перевозчик должен не посадить в самолёт, а если лоханётся и посадит - то повезёт обратно... И повторите подвиг итальянца-врача, у которого Розарио Агро паспорт выбросил, только в данном случае Британия и Эстония будут Вас друг другу посылать (это если ещё и британская виза однократная и Вы её уже использовали)...

Из Лондона в Германию (как вариант), потом в Таллин - без проблем.

Нет в эстонию можно только из шенгена. Из лондона можно через хельсинки вернуться.