Заехала в Латвию по шенгенской визе, получила ID-карту, и теперь нужно выехать в РФ, по какому документу выезжать: по визе, как заехала, или уже по ID-карточке?

Вы в любом случае на границе даете паспорт и id.

Я выезжала по паспорту и действующему Шенгену Зачем светить ID перед русскими пограничниками? Латышам или эстонцам можете ID показывать спокойно.