Мой португальский работодатель узнал о ситуации в России и предложил не дожидаться визита в португальское посольство для подачи документов на визу D3, а сразу ехать в Португалию по шенгенской визе и решать дальнейшие вопросы по легализации в SEF.

Если ещё не подавали, то да. По обычному рабочему контракту может быть долгим ожидание, но всяко безопаснее, чем в РФ. Если у вас ещё и з/п €1800+, то сможете пойти как высококвалифицированный спец, когда откроются слоты в СЕФ по этой статье, и получить ВНЖ быстро.