Вопрос следующий: за годы собрал приличную коллекцию документов по предкам, занимался на курсах в Москве при общине, но потом не стал подавать документы в Департамент.

да, будет помехой. насколько я понимаю, что в Латвии можно определить свою национальность только по родителям, бабушкам или дедушкам. по прапрадеду нельзя в Латвии определить национальность. у меня у самого почти такая же ситуация, подал документы на гражданство, но думаю, что будет отказ. вы же спрашиваете про гражданство по программе Латыши и ливы? или про постоянный ВНЖ? вы для чего хотите, чтобы в Латвии признали вашу национальность?