Кто был по фирме с мин. з/п, прервал или закончил боравак и теперь подаётся как DN? возникают ли вопросы по доходам)?

Вообще без вопросов, смена основания никого не интересует, лишь бы документы при новой подаче были в порядке! Вам, кстати, понадобится новая справка о несудимости.

ВНЖ выдаёт МВД, у него нет обмена информацией с налоговой, чтобы знать о вашем заработке по фирме. Кроме того, не запрещено, имея фирму, дополнительно работать на иностранные компании как физлицо.