После получения ВНЖ Казахстана можно будет поменять прописку? Но просто выписаться нельзя, я правильно понимаю?

Да - при ВНЖ нужно постоянно быть прописанным. По второму вопросу не знаю ответа.

При сдаче документов на рпп вам должны выдать талон, если вы не укладываетесь в 90 дней то идете в цон и вам делают временное рвп на время рассмотрения рпп и внж.