Подскажите, пожалуйста, если договор аренды квартиры с flatio для подачи документов на внж Португалии , его нужно регистрировать где-то дополнительно?..

Не нужно, с флатио не получится так, но это и не надо.

С финансша в идеале показать регистрацию если вы контракт с квартирой прямой заключили годовой и дольше, напрямую с собственником.