Что в банках ограничение, нельзя держать на счету больше 5000 евро. Это так? Или это касается каких то конкретных банков?

Есть ограничение для граждан рф в 100к.

Можно держать. Но банки не дают пополнять счёт наличными, если сумма на счету достигает какого-то порога. У ловчена, например, это как раз 5к евро.