Подскажите пожалуйста пропустят ли меня в эстонию с эстонской визой для дальнейшей поездки транзитом из Таллина в Израиль самолетом?

Если кроме российского заграна нет ничего - то не пропустят. Если есть израильские даркон/маавар - вполне реально что пропустят. Транзит в неШенген разрешён из Хельсинки, поэтому с росс заграном и шенгенскими визами и оплаченным билетом сразу из Хельсинки в Тель-Авив (прочий не Шенген) - реально въехать в Финляндию, но не в Эстонию.