Я успела подать документы и получить подтверду, но дата решения немного выходит за рамки 90 дней в Черногории.

С момента получения подтверды вы уже не совсем турист, и правило 90 дней к вам не относится.

Если приняли документы и есть дата получения, вы можете спокойно дожидаться. Боравак дают как правило с началом даты подачи.

Важен срок нахождения в стране на момент подачи документов. С даты подачи ваш статус меняется.