Подаюсь на туристическую е-визу в Индию для трансфера через Индию. В анкете просят указать, откуда гражданство РФ - по рождению или по натурализации?

Вы же гражданство по рождению получили, так и пишите. Место рождения указывается, как в паспорте. Эти вещи не обязательно связаны. Дети дипломатов, например, рождаются часто не в стране гражданства.