После пребывания на территории Казахстана более 30 дней нужно уведомление в миграционную службу делать, подскажите как это происходит?

Не нужно по прошествии 30 дней ничего делать. У вас в любом случае до 90 дней. А вот собственник должен был сделать уведомление в первые 3 дня с момента вашего заселения к нему. Может сделать онлайн через визово-миграционный портал или сайт еконак, но теперь уже с текущей даты.