Если вылетаешь из рф в Ереван по внутреннему паспорту, а далее из Еревана по паспорту третьей страны, как у властей рф появится информация о смене статуса на нерезидент?

По идее никак, штампа же нет, косвенно по посадочному, но вы могли и вернуться по внутреннему.

У них и если вы по загранпаспорту вылетаете информации не появляется. нет автоматической процедуры для этого.

Когда вы даёте паспорт погранцу, он его сканирует, вносит в свою базу сопоставить ваш ИНН по вашему же российскому номеру паспорта — это вообще не проблема для налоговой (ещё проще, чем сопоставлять по заграну). другое дело что пока налоговая пока данные не получает (т. к. такой интеграции нет), но пишут что это вовсю уже программируют)) и вообще это чат не про РФ, а про кипр, вам в другие места)