Подскажите, правда ли то, что в Японию пускают только по визам от агентств?

Не обязательно от агентств. Я бы сказал даже лучше не от агенств. Если хочется недели на 2-3 то сам делаешь все, но ничего не планируя не получится, потому что визу выдают сроком ориентируясь на твою программу пребывания, которую ты сам себе и написал: что где каждый день будешь делать. Можно что-то спланировать, но не обязательно это делать на самом деле. Можете придумать этот план, а заниматься в стране уже чем захочется, главное выехать во время обратно.