Если из финанцамта пришел вопрос письмом по почте, и в нем был указан имейл, могу ли я ответить не бумажным письмом, а имейлом? кто-нибудь с этим сталкивался?

Можете даже позвонить. В зависимости от того, что они хотят. Если просто вопрос, на который нужно ответить - можно и по имэйлу, с указанием своего Steuernummer, и, в идеале, цифр под строчкой "Meine Zeichen" Если просят документы - либо скан, либо копию документа по почте.

Практичеаки все можно по email. Еще ни разу не приходилось в FA отправлять бумажные письма. Но они отвечают бумажными письмами, если вы не заполните специальное Einwilligung zum Emailverkehr.