Хотела подписать документ через приложение DigiDoc и Smart-ID, последнее попросило PIN2 от ИД карты и пишет, что пин неверен, хотя я 100% ввожу правильно.

PIN2 не от ID карты, а тот PIN2 который назначили в самом приложении Smart-ID. При первоначальной настройке Smart-ID пользователь создает PIN и PIN2, которые отличаются (или по крайней мере должны из соображений безопасности) от кодов ID карты.