Подскажите пожалуйста, можно ли как-то вписаться в уже действующий стартап и получить внж в Португалии?

Да вы можете подать заявку в iapmei как на уже действующий стартап, но там больше документов собирать надо и их хуже одобряют, поэтому обычно все с нуля проект пишут и подаются как с новым стартапом, кроме того этому стартапу нужно будет получить апрув в аттестованом инкубаторе и после одобрения заявки заключить с ними контракт.