Подскажите, как налоговый резидент Испании (живущий в Испании более 183 дней в году) должен платить налог с ИП на УСН, который находится в РФ?

ИП на УСН в РФ платит налоги, положенные к оплате для ИП на УСН, там не имеет значение налоговый резидент какой страны при этом человек. А вот с оставшегося после уплаты в РФ потом уже все необходимые налоги в Испании оплачивать.