Если жена, гражданка РФ без ВНЖ повезет машину мою с российской регистрацией обратно в РФ, не должны ее остановить? Смогут вычислить по моему техпаспорта российскому, что у меня ВНЖ Казахстана есть?

Сложно сказать. Если сильно захотят, то вычислят. Но будут ли. Техпаспорт у вас нигде не прикреплен Самое простое это по иин. Если в страховке нет иин, то и это им невозможно. Риск ну прям совсем минимальный, стремится к нулю. Если сама не растеряется)