Нужно ли озаботиться регистрацией в паспорте перед подачей на ВНЖ? Уменьшит ли это вероятность отказа? Или лучше не гонять хозяина 2 раза и получить регистрацию прямо в ВНЖ?(ИП зарегистрирован, счета работают)

Вероятность отказа ничтожна если всё правильно. Регистрация на неё не влияет но я бы сделал - всё таки она быстрее и штампик регистрации немного упрощает тут жизнь. Ну и вам самому будет спокойнее. У меня и в паспорте и в ВНЖ.