Если получил визу Д для последующего ВНЖ для учебы в универе в Вене (русский паспорт), можно сначала въехать в Испанию, побыть там несколько дней, а потом уже в Вену? Или могут не пустить с такой визой через другую страну Шенгена?

Тут много людей едет через другие страны, но я не знаю насчет того чтобы «оставаться на несколько дней». У меня билет в финку и оттуда в Австрию в один день, там разница между приездом и вылетом около 4 часов. Визу с такими билетами выдали.

Можно, да oead вот что пишет про это.