При получение визы D, визу С аннулируют или нет? Есть виза С на 5 лет, подаюсь на визу D. Два паспорта на руках как-то повлияет на результат?

Думаю, что нет, вы же по ней можете ещё посещать Шенген, все же виза Д национальная. Я как-то подавалась с фин. визой С на Франц., дали со след. дня окончания финской. Правда у вас обе визы Франц.?

У меня два паспорта, в одном пятилетний французский Шенген, в другом – VLS-TS VISITEUR. Без проблем.

Не аннулируют.

Имея визу C на пять лет французскую, получила визу D. Нечего не аннулировали.

Это разные визы, они могут существовать параллельно.