Для подачи на визу в Португалию электронной справки о несудимости достаточно? А апостиль и перевод смогу в третьей стране сделать?

Только если хотите подаваться в Турции (что нереально). В остальных странах из тех что я знаю нужна бумажная с апостилем.

Апостиль не можете сделать. Апостиль ставит орган власти, выпустивший бумагу. Никто другой не имеет объективной возможности, ну и права, его ставить. Апостиль не просто по особой форме копирует данные документа. Эти данные с реестром сверяются, а реестр только у органов исполнительной власти страны.