Если в отель заселение в ночь с 5 на 6, а улетаем в 20.00 в этот же день, нужно бронировать отель на двое суток? Или есть варианты какие-то на меньший срок?

Ну вы можете выехать в 12-13 и оставить вещи в отеле. Вылет в 20-00 — это вам в 17 уже надо будет из отеля ехать примерно. Ну или попробовать договориться, чтобы остаться до 17-18, но обычно отелю это не особо выгодно.

Есть мотели, где плата идет за 24 часа пребывания там. Т. е заехали в 5 утра до 5 утра проплачено.

1 отель в котором я жила заселил нас и вовсе без доплаты в 6 утра, но там было много дней. Во многих отелях ранний заезд есть с 6 утра, и дневное проживание с 6-18/ 5-17. Надо уточнить информацию в забронированном вами отеле.