Если есть зарегистрированное юр лицо в рф, то налоги все человек платит в стране регистрации. А я почему-то была уверена, что после 180 дней все обязаны платить налоги в Испании, как резиденты , это не так?

Если доход в рф, а налоговая резиденция в испании, то платится налог на доходы нерезидента в рф и налог в испании. Если ваш товарищ планирует платить налоги только в рф, будучи налоговым резидентом испании, то у меня для него плохие новости =)