Подскажите, пожалуйста, по прилету в Малайзию ставят штамп на 30 дней, а потом можно еще один раз продлить на месте на 30 дней? И еще можно ли белорусский паспорт сделать в Малайзии?

Посольства белорусии в малайзии, на сколько знаю, нет. Как следствие - паспорт вы не сделаете.

Был опыт получения паспорта в Джакарте. Это занимает пол года в среднем И вроде это консульство за всю Азию отвечает.

Нет, у Беларуси в Джакарте посольство, на две страны.