Подскажите, пожалуйста, как посчитать положенные 90 дней пребывания в Греции? Начиная с 1 января 2023 года или как-то по другому?

Загуглите визовый калькулятор, их полно в интернете Там вводите даты поездок за последние пол года, въезд, выезд, и вам автоматом посчитают сколько вы ещё можете находится в шенгене на дату планируемого выезда.

Со дня въезда считается.