Вопрос в контексте стартап визы. Мне надо записаться в СЕФ на подачу документов по статье 89. 4. Но не понимаю, какой паспорт указать при записи? 1.

Тот паспорт, на который выписана декларация кажется логичнее, при этом надо приложить скан, где штамп о въезде. Наверное имеет смысл брать оба паспорта и объяснять ситуацию сотруднику на месте.