Подскажите, если мой основной NOC есть в паре провинциальных программ и входит в список 100 самых востребованных NOC, то нужно в этой программе регистрироваться и уже в ней смотреть баллы?

Если все остальные условия подходят, то нужно смотреть, как именно по этой программе вообще получить номинацию. Не факт совершенно, что там бальная система, кстати. Плюс может быть, самостоятельно зарегистрироваться нельзя может быть, т. к. по этому стриму из пула ЕЕ отбирают, как Онтарио, например.