Будет ли штраф если прийти в ЦОН в Бишкеке за регистрацией на 31-й день пребывания в понедельник, с учётом того, что они в выходные не работают и в эти дни её нельзя было сделать?

В ЦОНе обязательно будет. Если не ошибаюсь до 16000 сом. Попробуй в Казахстан выехать\заехать, таможня недалеко, полчаса на маршрутке. Даже если у погранцов вопросы возникнут - там дешевле разведешь)

А если до 30 дней успеешь, то и вопросов не возникнет.