А все документы на визу Португалии нужно в оригинале иметь на руках? Допустим если с работы пришлют трудовой договор скан, то напечатанные сканы не подходят ? То же самое со справкой о несудимости с госуслуг, электронными выписками ?

Справка о несудимости должна быть апостилирована. То есть оригинал, бумажная версия. Электронную версию только в Стамбуле принимали, как я слышала. Общим правилом является: оригинал или нотариально заверенная копия оригинала, переведенная на португальский язык с заверением перевода. Дальше можете брать на себя риски и решать. Нередко принимают.