Хочу получить в Португалии D7, работаю удаленно, но в договоре нет пункта что работа удаленная, Кто знает, как проверяют это ?

При приеме документов сразу и проверяют.

Для д7 вам нужен пассивный доход. Если у вас активный, удаленный, то это номад виза и иной уровень дохода. И для номад визы нужно указание на удаленку, да.