Подскажите , JR pass будет работать на всех долах Японии ? Его можно купить, уже находясь в Японии купить или только заранее?

Только вне страны.

В стране тоже можно сейчас, но на 10% дороже примерно получается.

Да прям в поиске напишите типа "купить jr pass", их турфирмы продают.

У JR еще свою автобусная сеть действует.