Подскажите, если виза заканчивается, например, 28 числа, а вылет из Китая 29 в 02: 00 будет считаться нарушением ?

Да.

так как регистрация за три часа до вылета, то вы успеваете ее закрыть на паспортном контроле и попасть в зону чистую и спокойно..