Выезжал из Боснии в Черногорию и не сориентировался что нужно было водителю автобуса отдать паспорт, в итоге мой паспорт не посмотрели и штамп о выезде не поставили, хотя въездной штамп того же дня есть.

Если вам поставили выездной штамп из Черногории, а потом въездной штамп в неё же, то все норм. Может вы не ездили в Боснию, а развернулись сразу за первым постом и вернулись обратно в ЧГ. В принципе, даже выездной из чг не обязателен, туристичка смотрит только на дату въезда.