Нужно ли супруге-нееврейке делать повторное свидетельство о браке и нужно ли ставить на него апостиль, если она приедет в Израиль позже мужа и они вместе пойдут в ведомство?

На свидетельство о браке нужен апостиль. Как вы его сделаете на дубликат или оригинал – дело ваше.

Думаю, в вашем случае следует сделать дубликат, чтобы у обоих был настоящий СОБ на руках. Апостиль только на один, этого достаточно.