Подскажите, я так понимаю виза алеф 5 ставится прямо в паспорт?

Скорее из за 2 пункта.

@Sergey: Ох, в текущей мировой обстановке мне кажется это совершенно лишние переживания. Вы вступаете на не очень длинный путь получения израильского гражданства. А с его получением конечно некоторая часть стран для вас будут закрыты принципиально (типа Ирана), зато откроется без виз множество других . Но сейчас все меняется очень быстро, так что не угадаешь. Например, очень долго израильтянам нельзя было без сложнополучаемой визы ездить в Эмираты. А вот 2 года назад Израиль с Эмиратами подружились и ввели безвизовый режим. Теперь все наслаждаются туризмом .

О как, спасибо за информацию.